안전관리비 집행에 관해서..

안녕하십니까.
저는 원도급업체 안전관리자 인데요.
궁금한게 있어서요.
저의 현장에는 크게2개의 하도급 업체가 있고(대외적)
일부공정은 대외적으로는 직영공사, 대내적으로는 하도급인데.
원칙적으로 따지면 대외적 직영공사(대내적하도급)부분은 원청에서
보호구 시설물 등 모든걸 지원해주고 원청에서 관리하는게 맞는것
같은데..
문재는 대내적 하도급업체가 기성 청구시 하도급금액에 대한 안전관리비
까지 청구하는데.. 그 처리를 어떻게 해야되는지.(안전보호구 등은 하도급 업체가 구매하여 대금을지불하고 적정하게 사용한것으로 사료됨)
이때 세금계산서 발행건도 애메하게 생각됨...
대내적 하도급업체의 명의로 세금계산서를 발행해서 증빙서류에 포함시키면, 발주처에서 불법하도급(맞는용어인지는모름)을 눈치체면 문제가 될것같고. 원청명의로 세금계산서를 발행하자니 하도급업체에 안전관리비를 지급할수가 없고... 하도급업체에서는 계약상 안전관리비가 내역에 잡혀있으니까 매일 찾아와 우는소리 하는데 초보안전으로서 참 머리가 아프네요..
대내적으로만 하도급 업체인 이런 경우 안전관리비를 어떻게 집행함이
타당한지 알려주세요..